La Institución sigue los principios pedagógicos de Rudolf Steiner, quien introdujo la Pedagogía Waldorf como respuesta al caos social y económico posterior a la Primera Guerra Mundial. Steiner, fundador del movimiento antroposófico, estableció los lineamientos para esta pedagogía. En septiembre de 1919, se inauguró la primera Escuela Waldorf con 12 profesores y 256 estudiantes distribuidos en 8 clases. El nombre de la escuela proviene de la fábrica de cigarrillos «Waldorf Astoria» en Stuttgart. La apertura oficial de la primera Escuela Waldorf tuvo lugar el 7 de septiembre de 1919. Hoy en día, existen más de 1,000 escuelas Waldorf en todo el mundo.

En Colombia, en los departamentos de Antioquia, Valle del Cauca y Cundinamarca, se encuentran colegios Waldorf que han acercado esta pedagogía a sus comunidades, como el Colegio Waldorf Isolda Echavarría, Colegio Waldorf Luis Horacio Gómez y CES Waldorf.

En Antioquia, la señora Benedikta Zur Nieden de Echavarría jugó un papel importante. En junio de 1983, Ana Isabel Duque y Laura Victoria Duque se reunieron con ella en Gualanday, Rionegro, para estudiar la Pedagogía Waldorf. El 4 de septiembre de 1984, con siete madres de familia interesadas, se llevó a cabo una reunión para explicar los fundamentos de la Pedagogía Waldorf y se decidió nombrar el colegio en memoria de Isolda Echavarría, hija de Don Diego Echavarría Misas y Doña Dita, fallecida a los 19 años.

El 30 de enero de 1985, se realizó la primera reunión de Padres de Familia, donde se explicó la Pedagogía Waldorf y se organizó el colegio bajo la dirección de la señora Benedikta. El 4 de febrero de 1985 marcó la apertura oficial del colegio en una nueva sede en la Transversal 75 No. 73-40 en Pilarica, Robledo, debido a la estrechez de la sede anterior en Laureles.

En 1987, con el apoyo de la Fundación Ayuda, el colegio se constituyó como la Corporación Colegio Isolda Echavarría. El 18 de enero de 1988, la Corporación inició sus actividades con la presencia de la señora Benedikta Zur Nieden, fundadora y benefactora del colegio.

El 18 de agosto de 1989, en reconocimiento a su incansable labor, el colegio declaró el día de su cumpleaños como su día clásico. El 5 de febrero de 1990, se trasladó a la sede propia en el Municipio de la Estrella.

En febrero de 1991, se recibió la sede del bachillerato en la Finca Guadalajara. En 1992, se adquirió la nueva finca del colegio «La Triana» y se inició la construcción del segundo bloque del bachillerato.

En 1996, se graduó la primera promoción de Bachilleres. El 19 de septiembre de 1996, en una ceremonia solemne, los estudiantes del grado 11° colocaron la primera piedra en el Auditorio Benedicta Zur Nieden. El 5 de diciembre de 1996, el colegio otorgó el diploma de Bachilleres a los 13 estudiantes de la primera promoción.

En 1998, falleció la benefactora y fundadora, la señora Benedicta Zur Nieden. El 28 de enero de 1999, se llevó a cabo un homenaje póstumo en su memoria.

En julio de 2000, se integraron los niños al «Maternal o Semillero». En 2001, se separó la administración y la dirección del colegio, quedando a cargo de la Junta Interna de Maestros bajo la representación legal de Ana Cecilia Restrepo Velásquez.

El 21 de diciembre de 2001, mediante la Resolución N° 10791, el colegio cambió su nombre a Colegio Waldorf Isolda Echavarría.

Al finalizar el 2003, una comisión de supervisores de la Secretaría de Educación Departamental revisó los libros reglamentarios de la institución y proporcionó recomendaciones.

En 2004, se trabajó en las recomendaciones dejadas por la Comisión de Secretaría de Educación, fortaleciendo la elección del Gobierno Escolar y realizando ajustes en los procedimientos académicos.

Se conformaron grupos de trabajo para abordar las recomendaciones, lo que resultó en excelentes resultados. El 20 de septiembre de 2004, tras un arduo esfuerzo, se obtuvo la Licencia de Funcionamiento unificada para todos los grados, otorgada por la Secretaría de Educación Departamental.

En 2007, el colegio fue incluido en la Red del Plan de Escuelas Asociadas de la UNESCO por su enfoque en Educación para la Cooperación y la Paz Internacional.

El 4 de septiembre de 2008, se eliminó la palabra «colegio» del nombre de la corporación, que pasó a ser Corporación Isolda Echavarría.

En 2012, se estableció un equipo rectoral liderado por las maestras Olga Lucía Rincón, Luz Elena Bedoya y Anet del Pilar Vélez, con representación legal de Anet del Pilar Vélez Castro.

En 2013, tras consultas con las autoridades educativas, se recibieron 33 recomendaciones para mejorar el servicio, las cuales se han abordado desde agosto de 2013.

Para 2014, se respondió a las recomendaciones de Seduca con el apoyo de una asesora pedagógica y se programó el registro del Proyecto Educativo Institucional ante la Secretaría de Educación Departamental.

Desde 2015 hasta la fecha, se ha continuado trabajando en los requerimientos de la Secretaría, actualizando proyectos como Acompañamiento Anímico, Proyecto Vial, Proyecto de Admisiones y Proyecto Ambiental, entre otros.